Un estudio reciente, en el cual se analizaron las aguas residuales tratadas de varias ciudades muestran que las bacterias colectadas directamente en los lugares de descarga presentan una gran resistencia a los antibióticos. En este estudio se empleó como mecanismo de evaluación la presencia de un virus que infecta a las bacterias denominados bacteriófago o simplemente fago. Es posible mediante técnicas de análisis genético es posible aislar selectivamente al fago CrAssphage (de su nombre en inglés), el cual proviene exclusivamente de bacterias presentes en las heces humanas.
Esto implica que a pesar de que las aguas residuales sean tratadas persisten bacterias las cuales contienen material genético denominado plásmidos, que les proveen de resistencia a los antibióticos. La cantidad de CrAssphage en aguas residuales de China, Europa y los Estados Unidos de América muestran una alta presencia del fago aunque con variaciones entre los países. De manera importante, los procesos de selección de bacterias no se obtuvieron en aguas residuales de fábricas donde se elaboran antibióticos o de las que provienen de hospitales, lo que dio certeza de que es el factor humano el causante del problema. Entonces son las excretas humanas las que determinan el tipo de bacterias presentes en los sedimentos en ríos, lagunas o esteros, lugares comunes de destino final de las aguas residuales. Dado que las aguas negras son tratadas con diferentes metodologías, pero estandarizadas por normas internacionales es relevante que el fago CrAssphage persista y sea un foco de infección.
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En México y en Puebla muchas de las aguas de uso domiciliario no son tratadas y esto seguramente tenemos en estos lechos de agua bacterias con resistencias a los antibióticos y las consecuencias que tiene para la salud.