Uno de los santos más socorridos en Europa y más representados a través de la historia del arte es, sin duda alguna, San Sebastián Mártir. Puebla cuenta con una iglesia dedicada a este santo, misma que se construyó después de derribar la iglesia dedicada a Santa Águeda.
De acuerdo con las investigaciones de Leicht, en 1547 se eligió a este santo como abogado de la ciudad contra la peste, por lo que el ayuntamiento concedió el lugar. Originalmente ambos cabildos salían del centro de la ciudad en procesión a esta iglesia, pero posteriormente, ya en el siglo XVIII, sólo lo hacía el cabildo eclesiástico.
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Se cuenta que en el siglo VII una epidemia azotó Roma, misma que cesó hasta que se levantó un altar a San Sebastián Mártir en la basílica de San Pedro, por lo que fue necesario trasladar sus reliquias a Roma.
La primera iglesia dedicada a este mártir en el Barrio de San Sebastián en Puebla, fue terminada durante la primera década del siglo XVII y en 1610 se le concedió el título de propiedad, incluido el respectivo cementerio, administración a cargo de los agustinos. El templo fue dedicado en 1629 y se convierte en parroquia en 1640. Para mediados del mismo siglo ya estaba en ruinas, por lo que se reconstruyó y bendijo en 1675, aún con techumbre de vigas y tejas. Fue hasta 1748 que el obispo Álvarez de Abreu le fabricó la bóveda.
El Barrio de San Sebastián sufrió una significativa merma en su población debido a la epidemia (peste) que se registró en 1812, por lo que se unió esta parroquia con la de San Marcos. Finalmente se demolió por completo antes de que Puebla fuera sitiada por los franceses en 1862. Posteriormente se vuelve a construir una iglesia que se estrena en 1874 y es la que vemos ahora.
A las afueras, recibe a los visitantes una representación en piedra de San Sebastián Mártir con jubón de guerrero y sayo; atado a un tronco, indefenso, herido, con borbotones de sangre que parten de una perforación, lo que indica que originalmente tuvo saetas de metal. Se le presenta con barba, atributo que dejó de emplearse desde el siglo XV.
La iglesia consta de una sola nave y una cúpula central que permite entrada de luz natural. Los ornatos arquitectónicos son escuetos y las representaciones escultóricas de los siglos XIX y XX.
El 20 de enero se celebra a San Sebastián Mártir y a San Fabián, y era el platillo típico el pato en pipián verde, ya que el pato migraba a estas tierras en invierno, ocupando nuestros lechos de agua, mismos que han desaparecido, mermando con ello la fauna original y la migratoria.